市环境保护局是市政府环境保护行政主管部门，主要职责是依照法律、法规，统一监督管理全市环境保护工作，防治污染和其它公害，保护和改善生活环境与生态环境，促进经济、社会的可持续发展。根据以上职能调整，高邮市环境保护局的主要职能是：

（一）贯彻执行国家环境保护的方针、政策和法律、法规，制定本辖区地方环境保护规章和办法；协同有关部门制定与环境保护相关的经济、技术、资源配置和产业政策，组织对全市重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价。

（二）拟定市环境保护规划和计划；组织制定和监督实施国家、省、市确定的重点区域、重点流域污染防治规划和生态保护规划；组织编制环境功能区划；参与制定本市经济和社会发展中长期规划、年度计划、国土开发整治规划和区域经济开发规划、产业发展规划以及资源节约和综合利用规划；参与审核全市城乡总体规划并对城乡环境保护规划组织评审；参与组织自然资源核算工作；负责编制全市环境保护事业经费和专项经费等计划；组织编制全市环境统计公报和环境状况公报，发布统计资料及信息，定期发布区域环境质量状况。

（三）监督管理大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治工作；组织和协调重点流域、区域水污染防治工作。

（四）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和和态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护工作；向市政府提出新建的各类省级、市级自然保护区初审意见；监督管理市级以上自然保护区；负责农村生态环境保护；组织全市生态示范区建设，指导生态农业建设；管理生物技术环境安全。

（五）管理全市环境监理工作，对国家、省和市管建设项目执行"三同时"制度和各种污染源排污情况实施监督检查，对环境违法行为进行调查并依法实施处罚；指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的环境问题；调查处理环境污染事故和生态破坏事件；组织开展环境保护行政稽查和全市环境保护执法检查活动。

（六）制定全市环境保护科技发展规划、计划，组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术示范工程；管理全市环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。

（七）组织实施各项环境管理制度；参与审批限额以内基本建设项目和技术改造项目以及市级区域开发建设项目的环境影响报告书(表)；负责监督管理全市城乡环境综合整治工作，组织创建国家环境保护模范城市工作。

（八）负责全市环境监测、信息工作，组织实施环境监测制度和规范，组织和管理市级环境监测网和环境信息网，组织对全市环境质量监测和污染源监督监测，组织编制全市环境质量报告；负责环境污染事故监测技术报告的仲裁；指导环境监测机构的标准化、现代化建设和计量认证、质量保证工作。

（九）组织、指导和协调环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。

（十）组织环境保护的对外交流合作，归口管理全市环境保护国际合作和利用外资项目，组织市内履行环境保护国际公约、条约的活动。

（十一）负责辐射环境、放射性废物管理工作，执行国家、省有关方针、政策、法规和标准，对全市电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理。

（十二）负责系统机构编制和人事管理；组织开展全市环境保护系统行政管理体制改革。

（十三）承办市政府交办的其他事项。